MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018192	CTG	2	6	2	7	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018192	GGC	2	6	26	31	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018192	TGCC	2	8	36	43	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_018192	GGC	2	6	74	79	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018192	CCG	2	6	82	87	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018192	CAGCG	2	10	173	182	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018192	AGG	2	6	241	246	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018192	GCT	2	6	251	256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018192	TGC	2	6	273	278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018192	AGC	2	6	378	383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018192	CTG	2	6	413	418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018192	TCG	2	6	448	453	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018192	GGC	2	6	563	568	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018192	GAA	2	6	638	643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018192	GCA	2	6	646	651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018192	GAA	2	6	849	854	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018192	CCG	2	6	867	872	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_018192	CGC	2	6	897	902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_018192	AGGT	2	8	928	935	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018192	GCG	2	6	983	988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018192	CGG	2	6	999	1004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018192	C	6	6	1022	1027	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
23	NC_018192	CCT	2	6	1124	1129	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_018192	ATG	2	6	1140	1145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018192	TCT	2	6	1154	1159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018192	CGA	2	6	1202	1207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018192	AGC	2	6	4415	4420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018192	GCTT	2	8	4549	4556	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_018192	ACA	2	6	4573	4578	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018192	GAAC	2	8	5304	5311	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_018192	GCG	2	6	5343	5348	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018192	GTT	2	6	5360	5365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018192	GCCGGC	2	12	5374	5385	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_018192	ATC	2	6	5411	5416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018192	GAG	2	6	5428	5433	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018192	GC	3	6	5434	5439	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_018192	CGGC	2	8	5440	5447	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_018192	CAT	2	6	5460	5465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018192	ACCGCG	2	12	5468	5479	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018192	CGG	2	6	5507	5512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018192	CGA	2	6	5592	5597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018192	CGC	2	6	5600	5605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_018192	GTT	2	6	5645	5650	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018192	GGC	2	6	5674	5679	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018192	GTC	2	6	5905	5910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018192	GGC	2	6	6018	6023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018192	GCC	2	6	6057	6062	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_018192	TGC	2	6	6083	6088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_018192	AAC	2	6	6095	6100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018192	GC	3	6	6136	6141	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_018192	CA	3	6	6243	6248	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_018192	GCC	2	6	6717	6722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018192	GC	3	6	6726	6731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_018192	GCCG	2	8	6766	6773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_018192	CG	3	6	6783	6788	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_018192	GCG	2	6	6795	6800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018192	CG	3	6	6799	6804	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_018192	CGG	2	6	6861	6866	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018192	G	6	6	6915	6920	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018192	GCG	2	6	6944	6949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018192	CGGAAC	2	12	6982	6993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018192	CGC	2	6	7006	7011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_018192	GCCG	2	8	7012	7019	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_018192	ATC	2	6	7027	7032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018192	ATCGCC	2	12	7053	7064	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018192	GCC	2	6	7092	7097	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_018192	GGC	2	6	7131	7136	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018192	TCCG	2	8	7155	7162	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_018192	ACT	2	6	7166	7171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018192	GCA	2	6	7259	7264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018192	CGC	2	6	7276	7281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018192	GGC	2	6	7350	7355	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018192	CCTT	2	8	7567	7574	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_018192	GGGC	2	8	7598	7605	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_018192	CG	3	6	7623	7628	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_018192	AGC	2	6	7659	7664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_018192	GCCCA	2	10	7683	7692	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_018192	TCG	2	6	7705	7710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018192	GC	3	6	7894	7899	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_018192	GGC	2	6	7929	7934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018192	TCG	3	9	7940	7948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018192	CG	3	6	7989	7994	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_018192	GCG	2	6	8390	8395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018192	CTA	2	6	8436	8441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_018192	CTC	2	6	8461	8466	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_018192	GACGAG	2	12	8760	8771	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018192	CGT	2	6	8798	8803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018192	CCG	2	6	8861	8866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_018192	CTT	2	6	8869	8874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_018192	GCT	2	6	8949	8954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018192	GTC	2	6	8988	8993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_018192	GCCT	2	8	9009	9016	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_018192	CGT	2	6	9026	9031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018192	TGT	2	6	9050	9055	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018192	TCC	2	6	9068	9073	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_018192	CCG	2	6	9090	9095	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_018192	CCG	2	6	9172	9177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_018192	GC	3	6	9204	9209	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_018192	CGAA	2	8	9288	9295	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_018192	ACC	2	6	9306	9311	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_018192	CCT	2	6	9665	9670	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_018192	CGG	2	6	9680	9685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018192	CCCT	2	8	9766	9773	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_018192	CAAC	2	8	9897	9904	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_018192	GTC	2	6	10058	10063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_018192	ACC	2	6	10145	10150	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_018192	ACA	2	6	10221	10226	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018192	CCG	2	6	10259	10264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_018192	TTC	2	6	10275	10280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_018192	GCT	2	6	11590	11595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018192	GA	3	6	11603	11608	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018192	CTGC	2	8	12633	12640	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_018192	TTA	2	6	13966	13971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018192	AGC	2	6	14034	14039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018192	AT	3	6	14225	14230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018192	TGC	2	6	14244	14249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018192	AG	3	6	14262	14267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018192	CTT	2	6	14293	14298	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018192	CAA	2	6	14308	14313	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018192	CGG	2	6	14352	14357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_018192	TTC	2	6	14402	14407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018192	AGA	2	6	14418	14423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018192	CCTG	2	8	14451	14458	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_018192	ATTTGT	2	12	14490	14501	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018192	GACGC	2	10	14606	14615	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018192	CAA	2	6	14697	14702	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018192	AAC	2	6	15592	15597	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018192	CAT	2	6	15599	15604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018192	CGG	2	6	15623	15628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018192	GCC	2	6	15650	15655	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_018192	CCT	2	6	15670	15675	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_018192	CGT	2	6	15684	15689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018192	CGA	2	6	15713	15718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018192	TGA	2	6	15736	15741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018192	CGA	2	6	15757	15762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018192	CAT	3	9	15791	15799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_018192	ACG	2	6	15825	15830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018192	GC	3	6	15865	15870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_018192	CCG	2	6	15901	15906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_018192	CTT	2	6	15936	15941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_018192	GCT	2	6	15971	15976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_018192	GTC	2	6	16011	16016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_018192	TGC	2	6	16034	16039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_018192	GGC	2	6	16077	16082	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_018192	CAA	2	6	16087	16092	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_018192	AGC	2	6	16132	16137	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_018192	AAGC	2	8	16147	16154	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_018192	CGC	2	6	16216	16221	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_018192	CAT	2	6	16241	16246	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_018192	GAA	2	6	16302	16307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018192	CCG	2	6	17308	17313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_018192	GC	3	6	17335	17340	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
153	NC_018192	CAT	2	6	17396	17401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_018192	CTC	2	6	18471	18476	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_018192	TGC	2	6	18480	18485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_018192	CAT	2	6	18500	18505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_018192	CCG	2	6	18514	18519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_018192	CAT	2	6	18535	18540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_018192	GCC	2	6	18550	18555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_018192	CG	3	6	18614	18619	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
161	NC_018192	CG	4	8	18648	18655	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
162	NC_018192	AGCA	2	8	18673	18680	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
163	NC_018192	GATCT	2	10	26199	26208	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_018192	GC	3	6	26228	26233	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
165	NC_018192	TG	3	6	26396	26401	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_018192	AGT	2	6	29290	29295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_018192	TGA	2	6	29301	29306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_018192	GC	3	6	29327	29332	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.